Иван Димитров Шишманов е роден на 22 юни 1862 г. (стар стил) в Свищов. Той е син на Димитър Емануилов Шишманов (1833–1875). Баща му е роден във Видин. Няколко думи и за бащата Димитър Емануилов Шишманов. Той, от своя страна, е син на видинчанина Емануил Шишманоглу. Една от дъщерите на Шишманоглу е Елена – баба на Алеко Константинов. Най-малкият син на Емануил Шишманоглу – Димитър, завършва търговската гимназия в Банат. По-късно постъпва като доброволец в австрийската армия и през 1848 г. се сражава под ръководството на Йозеф Радецки при Новара. След завръщането си в България той се отдава на търговия и комисионерствов Свищов. От него, който е бил войник, учител, търговец и писател, са излезли и два печатни труда: „Добродетел и злоба” и „Няколко думи за длъжностите на мъжа”. Димитър Шишманов е този, който открива Търговското училище през 1873 г. в Свищов, което просъществувало само една година. Докаран почти до фалит, Димитър Шишманов е принуден да стане учител в класното училище на родния си Видин. Умира именно там през 1875 г., като оставя съпругата си Неделя, двамата си синове (Иван и Емануил) и дъщеря си (Мара) в крайна бедност. През 1875 г. при обиколката на унгарския пътешественик Феликс Каниц Иван Шишманов е подбран за австрийски стипендиант с други будни българчета и отива да учи в градското Бюргершуле на Виена. След това продължил да учи в Педагогическото училище (Педагогиум) във Виена (1876–1882), когато негов директор е австрийският педагог Фридрих Дитес. Завърнал се в България, той става за кратко време учител в родния си град, а после (1882) подначалник в министерството на народната просвета. Следвал като стипендиант философия и литература в Йена (1884) и Женева (1885–1886). В Йена освен всичко друго слушал лекции по педагогика при известния последовател на Й. Фр. Хербарт – Карл Фолксмар Щой, по санскрит и индийска литература. Ив. Шишманов заминава през август 1885 г. за Женева, за да изучи и френски език, но избухналата Сръбско-българска война го връща в България и едва през януари 1886 год. той може да тръгне отново за Женева, където престоява цяла година. В Женева се сближава с украинския емигрант Михайло Драгоманов (1841–1995), професор по история в Женевския университет, а по-късно, по настояване на Шишманов, и професор в Софийския университет. През 1888 г. защитил докторат по експериментална психология в Лайпциг. Там той слушал лекции на Вилхелм Вундт (1832–1920), най-големия европейскипсихолог по това време. Шишманов е назначен отначало за началник на средното образование в министерството на просветата, но става доцент по културна история и по литература. Той е един от основателите на Висшето училище в София през 1888. След известно време е избран за професор по всеобща литературна и културна история, както и по сравнителна литературна история. Основател и редактор е на „Сборник за народни умотворения, наука и книжнина“ (1889–1902), редактор в списание „Български преглед“ (1893–1900). Иван Шишманов е министър на народното просвещение от 18 май 1903 до 4 ноември 1906 и от 4 ноември 1906 до 17 януари 1907 от Народнолиберална партия. Като класически пример остава неговият обстоен доклад до княз Фердинанд от 2 юни 1903 год., в който се очертават нови пътища за образователното дело и се посочва настойчиво нуждата от радикални подобрения в художествени, научни и хуманитарни институти (Народен театър, Музикална академия, Етнографски музей, Университет, народни читалища, и пр.), някои от тях създадени от самия него. Ето точния списък за нещата, свършени през неговия мандат:

– Приемане на Закон за университета;

– Закон за ефорията на Университета;

– Закон за училищните такси;

– Закон за училищните стопанства;

– Закон за заплащането на учителите в народните училища; откриване на Народен археологически музей и археологическо дружество;

– създаване на Етнографски музей;

– довършване на строежа и откриване на Народния театър през 1907 г.;

– откриване на институт за слепи (1905) и глухонеми (1906);

– въвеждане на длъжността „училищен лекар”;

– забрана на физическите наказания в училище;

– начало на системни изследвания на историята на българското образование;

– премахване на таксите в педагогическите училища;

– създаване на дисциплинарен съвет, който да се занимава с проблемите на наказани и уволнени учители;

– създаване на лекторска мрежа за популяризиране на научните постижения сред населението;

– изравняване на учебните планове на мъжките и девическите училища;

– опит за ликвидиране на неграмотността чрез изпращане на учители в отдалечени от градовете села и махали.

Напуска кабинета заради несъгласие с действията на правителството при Университетската криза. След министерстването си Шишманов отива за две години в Швейцария, да си почине и да поднови научните си занимания. През 1909 г. се връща отново в катедрата си в университета, за да преподава любимата си дисциплина „Сравнителна литературна история”. Иван Шишманов е временен български пълномощен министър в Украинската народна република при управлението на Павло Скоропадски през 1918–1919 г. Изпратен е в Киев от цар Фердинанд І освен за своето значимо присъствие и затова, че Шишманов е бил женен за дъщерята на вече споменатия украински публицист и революционер Михайло Драгоманов – Лидия Драгомановна (1866–1937). Връща се в София отново като професор и пак отива в чужбина (Швейцария и Германия), където продължава своите научни проучвания. Завръща се окончателно в България през 1923 г. и не напуска повече катедрата. Смъртта му идва неочаквано на 23 юни 1928 г. като последица от апоплексия (инсулт), при неговото отиване в Осло, Норвегия, в качеството му на български делегат на конгреса на световния П. Е. Н. клуб. Иван Шишманов е основател и пръв председател на българската секция на П. Е. Н. клуба. Бил е член на Македонския научен институт. Става действителен член на Българската академия на науките от 1902 г., дописен член на Сръбската академия на науките в Белград, на Гръцката академия на науките в Атина, на Академията на науките в Загреб, на Академията на науките в Хелзинки, на Етнографското общество в Прага, на Етнографското общество в Будапеща. Почетен член на Харковския университет. За него проф. Михаил Арнаудов пише: “Шишманов се явява най-крупният представител на литературно-историческото изследване в България в периода, когато се организува българската държава и се основава българският университет. Ум и характер, труд и вродени заложби го предопределят за една научна дейност, която ни разкрива ценни нравствени импулси и означава вдълбочаване на българския дух и мощен подтик на българската мисъл и на българското културно развитие чрез разрешаване на ред проблеми от разни области на българоведението. Не само кабинетният работник, но и човекът Шишманов с тия дарби за общителност и ентусиазъм е влиял най-благотворно върху българската интелигенция в духа на една идеалистична обществена програма. Делото му, тъй значително по обем и навред пропито от най-чиста любов към познание и народност, остава важен етап в прогреса на българската наука и документ на една хуманитарна философия, тъй жизнена и активна, и тъй плодоносна за ръста на нашата гражданственост”. Синът на Иван Шишманов – Димитър Ив. Шишманов (1889–1945) e виден български политик, писател и дипломат. Той е външен министър на България в правителството на Добри Божилов (1943–1944). През есента на 1943 г. става министър на външните работи и изповеданията и остава като такъв до лятото на 1944 г. След Деветосептемврийския преврат през 1944 г. е арестуван и осъден на смърт от т. нар. „Народен съд”. Екзекутиран е на 1 февруари 1945 г. Смъртната присъда е отменена през 1996 с Решение №172 на Върховния съд. Съпругата на Д. Ив. Шишманов е Пенка М. Калъпова-Шишманова (1877–1963). Преди брака си с него тя е била съпруга на ген. Сава Савов (1865–1945). От този брак Пенка (тогава Савова) има три деца. Бракът с Димитър Ив. Шишманов е бездетен.